又因为在文件操作过程中，Windows系统可能会调用虚拟内存来同步管理程序，这样就会导致各个程序对硬盘频繁读写，从而产生磁盘碎片。

还有一种情况就是当中间的一个扇区内容被删除后，新写入一个较小的文件，这样在这个文件两边就会出现一些空间，这时候再写入一个文件，两段空间的任意一部分都不能容纳该文件，这时候就需要将文件分割成两个部分，碎片再次产生了。
最常见的就是下载电影之类的大文件，这期间大家一半都会处理一下其它事情，而下载下来的电影文件被迫分割成若干个碎片存储于硬盘中。因此下载是产生碎片的一个重要源头。还有就是经常删除、添加文件，这时候如果文件空间不够大，就会产生大量的磁盘碎片，随着文件的删改频繁，这种情况会日益严重。
虽然说磁盘碎片对于正常工作影响并不大，但是会显著降低硬盘的运行速度，这主要是硬盘读取文件需要在多个碎片之间跳转，增加了等待盘片旋转到指定扇区的潜伏期和磁头切换磁道所需的寻道时间。