FAT16和FAT32没多大区别，只是FAT32更支持大分区，大文件而已，但FAT32所谓的大分区大文件和NTFS相比就差太远了，而且NTFS可以有更多的安全选项设置，也就是说更安全 全，而FAT没有，但NTFS个致命缺陷，就是Windows98、Me和DOS不能识别，所以有时会造成备份文件的不方便。
根据你的硬盘情况，如果是40G或40以下的见意用FAT32（不要用FAT16），如果是40G以上的则用NTFS 格式化一般用FAT32