98版对86版大致作了如下一些改进：
① 在字根——码元方面：A．98版所选用的码元（259个）比86版的字根（234个）多，而且作了多方面科学、合理的调整；于是相比之下，从汉字中取出码元就更容易辨识、更容易拆分，使取码比先前更便捷、快速。B．废除了一些似是而非的“强扭码元”，向着规范化方向迈进了一步。这样做，能消除用户对该编码的别扭感，减少对该编码学习难度。
② 在取码规则方面：A．98版比86版选用了更多的“重心码元”与“多笔码元”，使得在取码时减少了对一些码元的拆分，使得取码更顺畅、便捷；此外，把“笔画向前凑”改为“笔画往后靠”，也能使取码更顺畅、便捷一些，这些也是为提高输入速度所作的改进。B．改变了一些取笔画码的顺序，使得取笔画码的顺序与汉字的书写顺序保持一致，纠正了在86版中的一些取码错误，也向着规范化方向迈进了一步。
③ 在简码的编码排方面：在86版五笔编码中，简码重复的现象比较多。例如“民主中要这同不为经”这9个是既有一级简码又有二级简码的汉字，其中“民主中要这”这5个汉字同时有一、二、三级简码、“同经”这2个汉字同时有一、二、三级简码及四级全码；而有二级简码的600多个汉字差不多都有三级简码。编码的这种编法在98版中已被改变，使简码重复的现象大为减少，从而减少了“编码位置”的浪费，使更多一些的汉字编排上了二、三级简码，使重码汉字也有所减少，有利于提高汉字的输入速度。
④ 在词组方面：98版的词组比86版多且更合理，这对提高输入速度来说无疑也是有利的。
98对86版的弄巧成拙
98版对86版五笔的改进是主要的，但也存在弄巧成拙的缺陷，主要表现在“编码删改”问题上。何为“编码删改”？即在98版五笔打字软件中把按码法规则编出来的汉字编码（在码级上）作了删改：例如对于有二级简码的汉字，大部分只能以其二级简码的形式来进行输入，其三级简码的位置上大部分编排了“词组”或其它汉字的三级简码，也有一部分是“空位”（即没编排上什么）；对于有三级简码的汉字，绝大部分只能以其三级简码的形式来进行输入，在其被删去的第4码位置上只能排上为数绝少的几个汉字的四级全码，绝大部分是“空位”。其出发点是：充分利用编码位置，来更进一步地提高输入速度；可结果是丧失了汉字编码在码级使用上的自由度，使很多汉字丧失了“全码时能自动进稿”之功能。
个人认为还是86版比较好用，而且诸如陈桥智能五笔、极品五笔、极点中文、五笔加加等流行五笔输入法都使用的86版的编码方式